问题：

　　某公司协议转让一项投资，原始投资为280万元，收回投资款120万元，投资损失为160万元。2004年底，依据国税发[2003]45号文件，向税务部门申报税前列支损失160万元，但税务机关依据国税发[2000]118号文件的规定只批复当年税前列支40万元，其余120万元无限期结转以后纳税年度扣除，问公司2004年税前可列支投资损失是160万元还是40万元？

　　解析：
　　国税发［2000］118号文第二条第三款规定：“企业因收回、转让或清算处置股权投资而发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。”
　　国家税务总局关于执行《企业会计制度》需要明确的有关所得税问题的通知（国税发［2003］45号）第四条 关于企业资产永久或实质性损害中规定：
　　（一）企业的各项资产当有确凿证据证明已发生永久或实质性损害时，扣除变价收入、可收回的金额以及责任和保险赔偿后，应确认为财产损失。
　　关于财产损失的扣除政策是：
　　（二）企业须及时申报扣除财产损失，需要相关税务机关审核的，应及时报核，不得在不同纳税年度人为调剂。企业非因计算错误或其他客观原因，而有意未及时申报的财产损失，逾期不得扣除。确因税务机关原因未能按期扣除的，经主管税务机关审核批准后，必须调整所属年度的申报表，并相应抵退税款，不得改变财产损失所属纳税年度。
　　（三）税务机关受理的企业申报的各项财产损失，原则上必须在年终申报纳税之前履行审核审批手续，各级税务机关须按规定时限履行审核程序，除非对资产是否发生永久或实质性损害的判断发生争议，不得无故拖延，否则将按《中华人民共和国税收征收管理法》和税收执法责任制的有关规定追究责任；发生争议的，应及时请示上级税务机关。
　　对属于永久或实质性损害情况的投资的限制条件如下：
　　“当投资存在以下一项或若干情况时，应当视为永久或实质性损害：

　　1.被投资单位已依法宣告破产；

　　2.被投资单位依法撤销；

　　3.被投资单位连续停止经营3年以上，并且没有重新恢复经营的改组等计划；

　　4.其他足以证明某项投资实质上已经不能再给企业带来经济利益的情。“

　　上述两文件均明确：投资企业由于投资而发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但税前扣除方法要根据情况而定。
根据国税发［2000］118号文的规定，可以在每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。
　　但是国税发［2003］45号文件对118号文件作了补充规定，即如果被投资企业出现了依法宣告破产、撤销等文件所列示的4种情况之一时，投资企业应当把该项投资损失视为永久或实质性损害，作为财产损失项目经审核后在当年所得税前扣除。
　　根据上述分析，这家公司协议转让一项投资所发生的投资损失160万元，如果不属于国税发［2003］45号文件第四条第七款规定的“应当视为永久或实质性损害”的情况，只能按照国税发［2000］118号文第二条第三款的规定在税前扣除，即当年只能扣除“不超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得”，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。