实行个人所得税自行纳税申报制度的一个主要原因，是为了督促纳税人或扣款义务人足额扣缴税款。而实际生活中，一些未足额扣税的行为并非由“主观故意”造成。如个人同时拥有两个或以上工资薪金或经营性收入来源，或者一年内两次或以上取得承包、承租经营所得时，由于分别计税时重复计算了个税起征点、适用累进税率档次不同等等，都会造成实际预缴个人所得税款和应缴税款不符。国税总局表示，出现上述情况时，依据《年所得12万元以上自行纳税申报办法》，纳税人应在一个纳税年度终了后3个月内，向纳税机关自行申报应补（退）税额。

　　例如，2006年林女士每月都从北京市的A、B两家金融公司拿工资。每月林女士从A公司领取工资16000元，三费一金合计3200元，从B公司领取工资5600元。A、B两家公司作为扣缴义务人，每月分别按照足额扣缴了1865元和475元的个人所得税。

　　一个纳税年度终了时，两家公司分别为林女士代缴了个人所得税22380元和5700元，总计28080元。虽然A、B两个公司都足额扣缴了个人所得税，但按照税法，从中国境内两处或两处以上取得工资、薪金所得的个人，应当将两处收入合并计税，据此，林女士的实际应纳税为（A公司应发工资+B公司应发工资-“三费一金”-1600）*20％-375×12=35820元，比实际已纳税款多了7740元。因此，林女士在进行自行纳税申报时，她必须逐月核对应补税款并补齐未缴纳的部分。

　　又如，2006年度，小卫承包某市A服装厂，分别在6月、12月两次取得承包收入50000元、60000元，根据单项承包所得征税标准分别预缴个人所得税11000元、12000元。但按照个人所得税法实施条例第三十九条规定，纳税人在中国境内两处或者两处以上取得承包、承租经营所得的，应当合并计算纳税。因此，年度终了，小卫应将两次承包收入合并计税，全年应纳税额=（50000+60000-1600×12）×35%-6750=25030元。因此，小卫在进行自行纳税申报时，扣除已预缴的税款，应补交税款25030-（11000+12000）=2030元。